개인회생신청 공범으로 지목하며 내란 우두머리 방조 등의 혐의로 재판에 넘겼고, 비상계엄 당시 윤 전 대통령의 지시를 받아 일부 언론사에 대한 단전·단수를 주도한 혐의를 받는 이상민 전 행정안전부 장관도 구속기소했다. 이와 함께 특검팀은 위계에 의한 공무집행방해, 증거인멸교사 혐의로 김용현 전 국방부 장관을 지난 6월 추가 기소했다. 내란 혐의와 별도로 진행 중인 외환 관련 수사도 특검이 주목하는 축이다. 특검팀은 윤 전 대통령이 임기 중 평양을 향한 무인기 침투 작전을 지시했는지 여부를 수사 대상으로 두고 있다. 앞서 군 내부에서 "무인기 침투가 대통령의 지시에 따른 것"이라는 증언이 나온 만큼 특검팀은 관련자 소환 조사를 적극적으로 진행 중이다. 지난 8월에는 김용대 드론작전사령관을 재소환해 작전 지시 경위와 보고 체계 등을 확인했고, 9월에는 윤 전 대통령에게 직접 소환 통보를 하며 사건 전반에 대한 진술을 확보하려 하고 있다. 다만 윤 전 대통령 측이 특검팀의 소환 요구에 잇달아 불응하고 있는 점은 변수로 작용하고 있다. .